این مادربرد را می توان چیزی مابین Gaming 3 و Gaming 5 دانست که البته یک پله پایین تر از X399 Gaming 7 ایستاده است. البته مدار چاپی آن بی شباهت با X399 Gaming 7 نبوده و احتمالا از یک طراحی مشابه با تقلیل ویژگی ها استفاده شده است. GIGABYTE X399 Aorus Pro دارای 8 جایگاه نصب ماژول های رم DDR4 است.
تنها یکی از اسلات های M.2 در این مدل از پوشش ضد حرارت بهره می برند. همچنین تنها 2 اسلات از 5 اسلات PCI-Express 3.0 x16 در آن دارای حفاظ فلزی هستند. همچنین این مدل فاقد ماژول WLAN است. مدار تغذیه آن دارای 8 فاز رگولاتور بوده و آرایش اسلات های توسعه آن، دقیقا مشابه Gaming 7 است که شامل 2 شیار با مسیر PCI-E x16 و 2 شیار PCI-E x8 است.
هر 3 اسلات M.2 PCIe به باس های CPU متصل هستند که از این رو دارای سرعت بالایی خواهند بود. کنترل سیستم صوتی بر عهده تراشه Realtek ALC1220 CODEC به همراه خازن های صوتی WIMA قرار گرفته است. گیگابایت مجددا از ویژگی جدا سازی لایه های صوتی در این مدل استفاده کرده است. مادربرد GIGABYTE X399 Aorus Pro دارای کنترلر 1 گیگابیتی شبکه مدل Intel i211-AT است. به هر حال مادربرد GIGABYTE X399 Aorus Pro را می توان یکی از مدل های مقرون به صرفه با عملگرهای بالا دانست.